从零开始的Rietveld精修
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文章作者: Storm Talia
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2025-04-27
p(1x1)Cu(111)的优化计算
¶POSCAR的修改 与单点计算不同,优化计算可能涉及到离子步迭代、晶格常数的改变。但Cu(111)晶面的优化计算并不只是在INCAR里添加参数IBRION,优化计算确实允许原子弛豫,但在slab模型中,只允许表面的两层原子允许弛豫,而下面的那些原子则直接固定住 这样做的物理意义在于:在真实的环境下,催化剂体相看做是不变的,只有表面的原子参与催化反应 前面在乙醇分子的振动频率分析里面已经学过了,添加以下选择性动力学标记Slective Dynamics即可 PS:看分数坐标即可知道哪些是表层哪些是体相 12345678910111213CONTCAR\(1\1\1)1.0 2.5701000690 0.0000000000 0.0000000000 -1.2850500345 2.2257719501 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 21.2954006195 Cu 4Selective ...

2025-05-12
2025年5月Intel平台VASP.6.4.3的编译安装
==请参考VASP官方wiki中关于编译工具链的介绍部分:https://www.vasp.at/wiki/Toolchains== 2025年5月Intel平台VASP.6.4.3的编译安装 ¶WSL的安装 选择Arch Linux,个人比较熟悉,仅供学习使用不作为稳定的生产力环境,配置如下,两颗E5 2676 v3 打开powershell或者终端,输入wsl --install archlinux以自动安装,这一步需要使用代理(MAGIC),主机上使用Clash-Verge进行代理(运气好也能连上),终端中输入: 12set http_proxy=http://127.0.0.1:7897 #自己使用的端口是7897,http代理set https_proxy=http://127.0.0.1:7897 #自己使用的端口是7897,https代理 如果没有条件使用代理,也可以手动安装,参考Arch Wiki,https://wiki.archlinuxcn.org/wiki/在_WSL_上安装_Arch_Linux,手动下载`.wsl`镜像,然后安装 笔者计算机C盘性能...

2025-04-23
Cu单胞的bulk计算
bulk计算,直译为“体相计算”,指的是模拟理想的三维无限大晶体(无表面、界面或缺陷,不模拟则体系太大算不动),利用 周期性边界条件 描述材料的体相性质,主要用于研究材料的本征物理化学性质(如晶格结构、电子能带、热力学稳定性等) ¶准备POSCAR 打开materials studio-File-Import-Structures-Metals-pure metals-Cu.xsd,然后export为cif文件 用vesta打开Cu.cif文件,再export data,导出保存为POSCAR文件 ¶准备KPOINTS 12345KPOINTS for Cu-concentional-cell-bulk-calc0Gamma13 13 130 0 0 ¶准备INCAR 123456789101112SYSTEM = Cu-conventional-cell-bulk-calculationISMEAR = 0SIGMA = 0.1ENCUT = 700ISIF = 3NSW = 200NELM = 200IBRION = 2POTIM = 0.1EDIFFG = -0.01ALG...

2025-04-17
2025年4月AMD平台下VASP的编译安装
==请参考VASP官方wiki中关于编译工具链的介绍部分(本次编译工具链比wiki更新一些,未报错):https://www.vasp.at/wiki/Toolchains== 2025年4月AMD平台下VASP的编译安装 ¶WSL2安装 本次安装选择的Ubuntu作为发行版,使用人数较多,解决方案较多 更新源 1sudo apt update ¶安装编译器 ¶AOCC 下载aocc-compiler-5.0.0.tar,解压 1234tar -xvf aocc-compiler-5.0.0.tar #解压cd aocc-compiler-3.2.0 #进入目录install.sh #如果没有可执行权限请赋予可执行权限, chmod +x install.shsource .setenv_AOCC.sh #这一行可以写入~/.bashrc,然后source ~/.bashrc,刷新一下环境变量 ¶AOCL 下载AOCL 5.0 binary packages compiled with AOCC 5.0 123tar -zxvf XXX.tar.gz #解压tar.gz包,如果...

2025-05-12
ATAT无序掺杂测试
¶测试案例 首先进入一个新目录,然后拷贝测试文件: 1cp ../atat/examples/cuau.in lat.in 让Maps开始运行: 1maps -d & 现在Maps已经开始运行,等待下一步的指令,输入命令开始生成结构: 1touch ready 大概在10s内,Maps会回应:replies Finding best structure...,此时可以输入: 1ls */wait 查看进入,返回0说明完事了,0目录里包含str.out文件,它描述了需要计算能量的结构,比如: 12345678(base) storm@cernet2:~/test/0$ cat str.out 3.800000 0.000000 0.0000000.000000 3.800000 0.0000000.000000 0.000000 3.8000000.500000 0.000000 0.5000000.500000 0.500000 0.000000-0.000000 0.500000 0.5000001.000000 1.000000 1.000000 Cu The clu...

2025-06-23
使用IRI方法进行弱相互作用分析
¶IRI等值面图 启动Multiwfn,载入输入文件,我使用的输入文件是.fchk文件,别的如.wfn文件等也可以 使用功能20 Visual study of weak interaction,进行弱相互作用分析,选择4 IRI: Interaction region indicator analysis (Chemistry-Methods, 1, 231)进行IRI分析,选择精度,这里我选的是高精度3 High quality grid, covering whole system, about 1728000 points in total(精度是根据格点数目确定的,对于巨大体系可能高精度也不够用需要手动指定格点数目) 至此,格点计算已经完成,然后我们导出数据3 Output cube files to func1.cub and func2.cub in current folder,借助VMD 分子可视化程序画出更好看的图,将载入文件所在文件夹下导出的func1.cub和func2.cub(这两个文件分别记录的是sign( #...
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